· 皮克级样品起始—可以250 pg-10 ng人,小鼠或大鼠总RNA起始 · 用途广泛—可以不同品质RNA(包括FFPE/LCM样品及游离RNA)制备文库,获得高重复再现数据 · 性能提升-不增加PhiX也可获得较高的簇通过过滤百分比(FP%),识别更多转录本,重复更少 · 保留链来源信息—转录本链来源信息识别准确度高 · 快速,一体化流程—整体流程只需~6 h ,改良了buffer配方,缩短了文库纯化时间 · 无缝衔接Illumina测序—直接制备多达96种index的 Illumina®-ready文库 |
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SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian设计用于从皮克级总RNA(250 pg–10 ng)中高效制备Illumina测序文库。本试剂中采用的技术适用于高品质,部分降解及低品质RNA(如来自于FFPE或LCM样品)。本试剂是一体化操作流程,保留了链来源信息,并且不需要下游文库制备,在反转录和PCR扩增过程中就可以添加indexes和接头。升级产品与原有SMARTer 皮克级产品相比,提升了在所有Illumina测序平台的测序性能,并且文库纯化操作更加方便。 核糖体RNA在总RNA中占有很高的比重(~90%)。在制备文库前从总RNA中去除掉这些大量的RNA,有利于降低测序成本,提高统计数据的比对比率。但是在以微量样品起始时,如果一开始就从总RNA中去除rRNA,会造成纯化后的起始样品太少而不能制备高品质测序文库,本试剂采用专有的特异针对哺乳动物rRNA和部分线粒体RNA的探针去除核糖体cDNA(来源于核糖体RNA的cDNA片段)。采用本试剂制备的文库与前代试剂制备的文库接头配置不同,即使是使用基于双通道SBS技术的Illumina平台如NextSeq®, MiniSeq™, 和 HiSeq® 3000/4000测序时,不需要添加大量PhiX也可以获得高比例的簇通过过滤百分比(%PF)。每个run可以获得更多的生物学相关测序reads,这又反过来减少了测序成本。采用Pico v2 Kit同样可以获得更多的特异转录本,更低的rRNA、mtRNA比对率和重复率。此外,Pico v2 Kit包含了一种新的PCR buffer,提高了文库纯化效率。 试剂盒提供12,48,96和192次反应规格。高通量版本试剂 (Code No. 634413,634414) 包含12种反向引物,8种正向引物,最多可以构建96种indexes文库。包括文库构建及纯化的整体流程只需~6 h。 |
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不同样品起始量解决方案: · 10-100 ng 总RNA, 推荐使用 SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit – Low Input Mammalian · 100 ng-1 μg总RNA, 推荐使用SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit – HI Mammalian |
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图1. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian技术流程 |
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图2. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 – Pico Input Mammalian提高了通过过滤百分比(FP%)。如图所示,分别采用Pico v1 或Pico v2制备文库并使用NextSeq 500 或 MiniSeq平台测序。图中,蓝色图框表示未过滤(原始)reads的簇密度分布,绿色图框表示通过过滤reads的簇密度分布。 图中显示了通过过滤的reads数(以百万计)和每个run的%PF。 |