本制品是使用Illumina公司MiSeq对细菌丛16S rRNA进行解析时使用的PCR扩增试剂盒。以细菌16S rRNA基因的V3-V4区域为对象,使用对多样序列能有效扩增的PCR酶Tks Gflex™ DNA Polymerase进行扩增。 引物是采用设计在常用的高效扩增区域(V3-V4)上的341F、806R(见图1),在引物的5’端连有Illumina MiSeq用的overhang序列。使用本试剂盒扩增得到PCR产物后,利用Nextera XT Index Kit (Illumina公司)制备MiSeq用文库。Nextera XT Index Kit中的引物能够在待测文库的两端接入测序用adaptor和用于区分各个被检测样品的Index序列(见图2)。 |
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■ 保存 |
-20℃ |
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■ 试剂盒以外需要准备的其他试剂、仪器等(主要用品) |
· 核酸提取Kit 【粪便样品】 NucleoSpin DNA Stool (Code No. 740472.10/.50)等 【土壤样品】 NucleoSpin Soil (Code No. 740780.10/.50/.250)等 |
· PCR产物的纯化 Agencourt AMPure XP(Beckman Coulter公司,Code No. A63880/A63881/A63882) 0.2 ml磁力架:Magnetic Separator-PCR Strip(Code No. 635011)等 新配的80% 乙醇 溶出液(10 mM Tris-HCl, pH8.5) |
· 测序adaptor与Index序列的添加 Nextera XT Index Kit(Illumina Code No. FC-131-1001/FC-131-1002) Nextera XT Index Kit v2 set A-D(Illumina Code No. FC-131-2001~2004) |
· PCR仪 TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice™ Touch(Code No. TP350) TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice™ Gradient(Code No. TP600)等 |
· 凝胶电泳装置 Mupid-2plus(Code No. M-2P) Mupid-exU(Code No. EXU-1)等 |
· 凝胶 Agarose L03「TAKARA」(Code No. 5003/5003B) PrimeGel™ Agarose PCR-Sieve(Code No. 5810A)等 |
· 微量高速离心机 |
· 微量移液器及Tip |
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