CHORI-211: Zebrafish Tue (Tuebingen) strain (Danio rerio) BAC Library
CHORI-211 Tue株斑马鱼Danio rerio BAC库是由Chung Li Shu和Kazutoyo Osoegawa博士在奥克兰儿童医院研究所BACPAC资源的Pieter De Jong实验室中构建的。Gerd-Joerg Rauch博士从6名男性的睾丸中分离出基因组DNA，并用EcoRI和EcoRI甲基化酶的组合进行了部分消化。选择大小的DNA被克隆到EcoRI位点之间的pTARBAC2.1载体中。将连接产物转化入DH10B电感受态细胞（BRL LIFE TECHNOLOGIES）。该文库已被排列到384孔微量滴定皿中，并被网格划分为六个22x22cm尼龙高密度过滤器通过探针杂交进行筛选。每个杂交膜代表超过18,000个不同的斑马鱼BAC克隆，一式两份。图书馆建设得到了分包合同的支持，该分包来自Max-Planck-Institut fuer Entwicklungsbiologie的Robert Geisler博士。他的BAC库中的克隆已用作英国Sanger研究所基于克隆的测序项目以及德国Max Planx研究所的克隆指纹设计项目的一部分。可以使用“内部” Sanger命名法或“外部” NCBI推荐的命名法在各种公共数据库中找到这些克隆。例如，CH211-15B7（NCBI命名法）对应于在第15行和第7列的相交处的微量滴定皿（384孔型）＃15中发现的克隆。“内部” Sanger命名法中的同一克隆标记为：“ zC15B7”。从BACPAC资源中心（BPRC，@CHORI）订购克隆时，
bacpacresources CHORI-211说明书
Provisional data for CHORI-211 Zebrafish Tue strain Dani rerio BAC Library:
|
Segment |
1 |
2 |
All |
|
Vector |
pTARBAC2.1 |
pTARBAC2.1 |
pTARBAC2.1 |
|
Restriction Enzyme |
EcoRI/EcoRI Methylase |
EcoRI/EcoRI Methylase |
EcoRI/EcoRI Methylase |
|
DNA Source |
sperm |
sperm |
sperm |
|
Plate Numbers |
1-144 |
145-288 |
1-288 |
|
Plate Count |
144 |
144 |
288 |
|
Empty Wells |
1314 (2.38%) |
1278 (2.31%) |
2592 (2.34%) |
|
Non-Recombinant Clones |
0 (0%) |
41 (0.08%) |
41 (0.04%) |
|
Non-Insert Clones |
Approx. 648 (1.2%) |
Approx. 1404 (2.6%) |
Approx. 4104 (3.8%) |
|
Recombinant Clones |
53334 |
52573 |
103855 |
|
Average Insert Size |
171 Kbp |
160 Kbp |
165.7 Kbp |
|
Genomic Coverage |
5.4X |
5X |
10.4X |
组的。
CHORI-211克隆插入片段大小分布的数据已通过脉冲场凝胶电泳确定。克隆大小分布已以