firebirdbio自回避分子识别系统(SAMRS
核酸扩增反应遭受脱靶扩增产物的形成。该问题随着反应中引物的数量而增加,并且主要由于引物-引物相互作用而发生。因此,从引物碱基中选择性除去氢键合单元会导致产生自我逃避的DNA引物,可以添加这些引物以实现和改善多重PCR。
如下所示,带*的SAMRS碱基可以与标准碱基(在靶标或扩增子中)成对,但不能与其他SAMRS碱基成对。
自回避分子识别系统-SAMRS TM
亚磷酰胺和寡核苷酸
T* phosphoramidite |
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A* phosphoramidite |
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C* phosphoramidite |
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G* phosphoramidite |
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含有SAMRS的寡核苷酸:
将SAMRS碱基放入PCR和其他扩增技术所用引物中的一般规则。大写字母表示标准基数,小写字母表示SAMRS基数。
- 建议长度为20-35 nts。SAMRS碱基应在寡核苷酸3'末端的前4至5个位置使用,而不是在前面的3'碱基中使用。
- 每个寡核苷酸应使用两个至四个SAMRS碱基,优选两个或三个SAMRS修饰。
- SAMRS t碱基在引物二聚体的形成方面没有显示出太多的减少,因此在选择时好用a,g或c代替t。
- 避免在由三个和四个连续相同的碱基组成的字符串中使用SAMRS碱基。例如:应避免使用ggg,ccc,aaa,ttt,gggg,cccc,aaa和tttt。
- SAMRS碱基与标准碱基分开,例如:gGg,cCc,aaAA和tTt。
- 如果寡核苷酸的3'末端为标准A或T,则第二个碱基也应为标准碱基,然后进行两个或三个SAMRS修饰。
Firebird还准备SAMRS寡核苷酸文库。
SAMRS可以在寡核苷酸中与AEGIS结合使用,以实现高度复用和高度清洁的PCR和等温扩增。请咨询。
与所有引物设计一样,Firebird无法保证遵循这些规则制成的寡核苷酸的性能。
Benner等人,2015;Glushakova et al。,2015a,2015b; Hoshika et al。,2010; Sharma等,2014;Yang等人,2015年和未发布的数据
T* phosphoramidite |
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A* phosphoramidite |
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C* phosphoramidite |
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G* phosphoramidite |
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