ArcticZymes—中等温度失活核酸酶

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ArcticZymes—中等温度失活核酸酶

ArcticZymes是一家致力于从寒冷深海物种种提取耐寒生化试剂用于分子生物学及诊断试剂研究的高科技公司，并且是该领域的*。该公司始于于上世纪八十年代，zui初的目的是深入开发挪威北部渔业副产品的。九十年代中因应生物工程技术的需要，ArcticZymes开始研发及生产北部寒冷深海物种为原料的碱性磷酸酶。2009 年ArcticZymes公司成立，提供以耐寒酶类为特色的各种分子生物学研究及诊断试剂研发的多款试剂，适应于PCR及RNA提取等各种条件下DNA*清除，复杂条件下酶促反应（高盐、低温等）。

 

ArcticZymes公司产品与应用：

一、PCR实验去污试剂盒

1、概述：作为高度灵敏的核酸检测方法，PCR实验（特别是qPCR）非常容易受到各种污染，如含有大肠杆菌DNA的 PCR聚合酶，样本中细菌DNA，以及dNTP、缓冲体系与引物中的污染。这些杂DNA的污染直接导致灵敏度的减少、假阳性等错误结果的出现。方法非常敏感细菌的DNA污染和细菌DNA的痕迹都可以在主人的混合和聚合酶。当使用qPCR检测或量化的少量的细菌DNA,污染E。杆菌DNA可能造成假阳性的结果。因此清除这些杂DNA对于获得精准的PCR/qPCR结果尤为重要。ArcticZymes公司的PCR实验去污试剂盒专门设计为清除PCR预混体系中的污染DNA成分，不影响PCR的灵敏度。

2、产品优势：

*的双链dsDNase可在引物及探针存在的情况下*清除污染DNA；

有效适用于终点法PCR实验、以及基于探针和SYBR的qPCR体系；

可*将污染的细菌DNA清除至检测阈值之下；

不影响PCR检测的灵敏度（即使在痕量靶DNA检测的情况下）；

操作便捷；

3、使用说明

 

a、将预混体系、引物或探针与试剂盒混匀；

b、37?C孵育20分钟；

c、60?C dsDNase酶失活20分钟（在试剂盒提供的DTT存在的前提下，dsDNase被不可逆失活，可确保后续PCR实验中模板的稳定性）；

d、添加DNA模板，运行qPCR实验。

4、商品规格：100/500time（预订为20ul体系，可根据具体实验相应调整用量）

 

二、Heat&Run gDNA 清除试剂盒

1、概述：在RT-PCR实验中，提取的RNA中容易混有基因组DNA,显著影响随后的实验结果，该试剂盒专设计为反转录之前清除RNA中的基因组DNA（gDNA）。

2、产品优势：

该试剂盒依靠重组的不耐热dsDNase，该酶可在较低温度下（58ºC）即可不可逆失活，这种温和条件就确保了RNA不受影响；

清除及反转录步骤可同管完成，zui大程度减少了误差，节省时间。

3、使用说明：将试剂盒试剂直接添加在RNA样本中，与反转步骤同步进行，适用于高通量实验。

4、商品规格：50/250 time

 

相关参考文献

1.                  Comparative Analysis of Stress Induced Gene Expression in Caenorhabditis elegans following Exposure to Environmental and Lab Reconstituted Complex Metal Mixture
Kumar R, Pradhan A, Khan FA, Lindström P, Ragnvaldsson D, Ivarsson P, et al. (2015). PLoS ONE 10(7): e0132896. doi:10.1371/journal.pone.0132896

2.                  Multi-platform assessment of transcriptome profiling using RNA-seq in the ABRF next-generation sequencing study
Nature Biotechnology 32, 915–925 (2014) doi:10.1038/nbt.2972
Received 14 May 2013 Accepted 01 July 2014 Published online 24 August 2014

三、双链特异性DNA酶

1、概述：该款双链特异的DNase提取自北极寒冷条件下的小虾Pandalus borealis，具有*的双链特异性，可在单链DNA分子如引物、探针的条件下清除PCR体系中的双链污染DNA。

2、产品优势：

双链特异的内切特性活性；高酶活性；可在65°C的温和条件下下孵育15分钟失活；产物为5-磷酸寡核苷酸。

3、使用说明：见Heat&Run gDNA 清除试剂盒。

4、商品规格： 250 U/1000 U（Conc.: 2U/µl）, 2500 U （5U/µl）

四、HL-dsDNase

1、概述：HL-dsDNase是dsDNase的基因工程加工品，可在中等的温度下（55°C，pH 大于 8.0）快速地*失活。可*地适用于从RNA中清除DNA污染（可在镁离子存在下）。

2、产品优势：双链DNA内切特异性，55度即可失活，高特异性。

3、使用说明：见Heat&Run gDNA 清除试剂盒，更适用于热启动RT酶的反转录实验，在室温时基因组DNA被清除，在热启动反转录时即失活酶。

4、商品规格：250 U/1000 U（2U/µl），2500 U（5U/µl）

五、Cod Uracil-DNA Glycosylase

1、概述：Cod Uracil-DNA Glycosylase提取自大西洋鳕鱼，是目前*一款可商业化采购的耐寒Uracil-DNA 转葡糖基酶制品，可在温和加热条件下不可逆失活。适用于在PCR及q PCR实验中避免出现Carry-over（实验室其它PCR产物污染，如空气、手套、枪头、公用试剂、容器等）。目前避免Carry-over污染的有效措施是在PCR扩增过程中用dUTP 取代dTTP，即在PCR扩增前，PCR混合物用尿嘧啶DNA糖基酶（Uracil-DNA Glycosylase (UNG)）处理，在变性阶段（碱性条件下）温度升高至95°C，导致非嘧啶位点和carry-over DNA片段的断裂 (如下图)，而目标模板因为含有胸腺嘧啶不受UNG处理的影响。

2、产品优势：

热不稳定性，55°C时*地不可逆失活，是目前*可与一步法RT-qPCR 兼容的UNG，且比减少实验灵敏度；

有效清除RT-PCR, RT-qPCR, qPCR及 kPCR实验中存在的Carry-over污染，且不降低灵敏度；

不可逆失活，不降解PCR产物，可继续用于下一步实验（克隆或测序）

高纯度，SDS-PAGE检测，无污染的核苷酸或E. coli DNA；

单位酶活性（37°C时 1单位酶活每小时从含Uracil的DNA释放1 nmol Uracil）；

高活性：: >500 000 Units/mg；

浓度：zui小至1 000 Units/ml；

高稳定性：-20°C存放两年，4°C存放 6 个月，可忍受多个冷冻-解冻循环。

3、使用说明：

A：用于常规PCR实验：

Cod UNG适用于所有商业化获取的预混体系，请务必确认您已经在前期PCR实验中使用含有dUTP 的dNTP 混合物。

a、直接添加0.25 U Cod UNG至25 µl PCR反应体系；

b、室温孵育5 min；

c、运行PCR循环。

-20°C or 4°C存储PCR产物直至进一步产物分析或应用。

B、用于一步法RT-PCR

a、直接添加0.2 U Cod UNG至 20 µl RT-PCR反应体系；

b、室温孵育5 min；

c、反转录（50- 55°C）

d、运行PCR循环。

4、商品规格：100 U/1000 U（1U/µl）、2500 U（5U/µl）

相关参考文献：

1.                  Complex Species Status for Extinct Moa (Aves: Dinornithiformes) from the Genus EuryapteryxLeon Huynen and David M. Lambert* (2014)
PLoS One. 2014; 9(3): e90212. doi: 10.1371/journal.pone.0090212

2.                  Highly Informative Ancient DNA ‘Snippets’ for New Zealand Moa
Jonathan McCallum,1 Samantha Hall,1 Iman Lissone,2 Jennifer Anderson,2 Leon Huynen,1 and David M. Lambert1,* (2013)PLoS One. 2013; 8(1): e50732. doi: 10.1371/journal.pone.0050732.

3.                  Removal of deaminated cytosines and detection of in vivo methylation in ancient DNA.Briggs A.W., et al. (2009)Nucleic Acids Research. doi:10.1093/nar/gkp1163.

4.                  Transcripts of developmentally regulated Plasmodium falciparum genes quantified by real-time RT-PCR.Blair P.L., et al. (2002)Nucleic Acids Research. 30(10): 2224-2231.

5.                  An Efficient Multistrategy DNA Decontamination Procedure of PCR Reagents for Hypersensitive PCR Applications.Champlot Sophie, Camille Berthelot, Mélanie Pruvost, E. Andrew Bennett, Thierry Grange, Eva-Maria Geigl. (2010)PLoS ONE 5(9): e13042. doi:10.1371/journal.pone.0013042.

6.                  Development of a novel rapid assay to assess the fidelity of DNA double-strand-break repair in human tumour cells.Collis S.J., et al. (2002)
Nucleic Acids Research. 30(2): e1.

7.                  Mutational analysis of the engrailed homeodomain recognition helix by phage display.Connolly J., et al. (1999)Nucleic Acids Research. 27(4): 1182-1189.

8.                  A novel method employing UNG to avoid carry-over contamination in RNA- PCR. Epstein U.J., et al. (1993)，Nucleic Acids Research. 21(16): 3917-3918.

9.                  Avoiding false positives with PCR.Kwok S., Higuchi R. (1989)Nature. 339: 237 – 238.

10.              Direct isolation of poly(A)+ RNA from 4 M guanidine thiocyanate-lysed cell extracts using locked nucleic acid-oligo(T) capture.Jacobsen N., et al. (2004)Nucleic Acids Research. 32(7): e64.

11.              Quantitative assessment of the effect of uracil-DNA glycosylase on amplicon DNA degradation and RNA amplification in reverse transcription-PCR.Kleiboeker S.B. (2005)Virology Journal. 2: 29.

12.              Uracil-DNA glycosylase (UNG) influences the melting temperature (T(m)) of herpes simplex virus (HSV) hybridization probes.Leblanc J.J., Pettipas J., Campbell S.J., Davidson R.J., Hatchette T.F. (2008)J Virol Methods.  151(1): 158-60. Epub  May, 12. 2008.

13.              Use of uracil DNA glycosylase to control carry-over contamination in polymerase chain reactions Longo M.C., et al. (1990)Gene. 93: 125-128.

14.              Minimizing DNA contamination by using UNG-coupled quantitative real-time PCR on degraded DNA samples: application to ancient DNA studies.Pruvost M. et al. (2005)BioTechniques. 38: 569-575.

15.              Determination of detection and quantification limits for SNP allele frequency estimation in DNA pools using real time PCR.Schwarz G., et al. (2004)Nucleic Acids Research. 32(3): e24-.

16.              Relationships between yeast Rad27 and Apn1 in response to apurinic/apyrimidinic (AP) sites in DNAWu X., Wang Z. (1999)Nucleic Acids Research. 27(4): 956-962.

 

六、Shrimp Alkaline Phosphatase

1、概述：碱性磷酸酶是基因克隆中去除空载体的理想试剂，然而常规碱性磷酸酶在该过程中冗长而易于出错。而我公司的SAP因为可在简单的加热处理后*失活，并且适应大多数限制性内切酶的缓冲体系，可在酶切过程中通过直接添加SAP完成清除空载体的目的，而无需麻烦的计算及多步骤的孵育过程。Shrimp Alkaline Phosphatase （SAP）是ArcticZymes1993年首度从深海寒冷虾中开发提提取的新型碱性磷酸酶, 2010获得优化重组的版本rSAP。因其便利而优越的在较低温度下*失活的性质，无需在后续实验中进行清除程序，该酶已成为目前zui的DNA修饰酶产品。

产品优势：

碱性磷酸酶金标准，市场上热不稳定性碱性磷酸酶；

高活性（>2 000 Units/mg）；

65°C 5分钟，75°C 1分钟即可*失活（PCR反应中37°C到95°C然后回到37°C过程即可使之*失活）；

可从DNA/RNA/ dNTPs/蛋白中清除5-磷酸端，可直接添加至限制性内切酶进行消化处理，无需添加锌离子或其它活性离子；

可在多种缓冲体系中使用；

易于在DNA测序或SNP分析前处理PCR产物中的未结合dNTPs；

高稳定性（室温保存90天后仍有超过95%的活性）；

单位酶活：在37ºC，pH 10.4的甘氨酸缓冲液中，一单位SAP每分钟可反应1 µmol p-nitrophenyl phosphate，1单位SAP相当于5到40单位Antarctic Phosphatase (New England Biolabs)，1.3 单位APex phosphatase，35单位NTPhos phosphatase (Epicentre)。

3、使用说明：

A、在含有限制性内切酶的环境下（SAP用量：不少于0.1 U SAP/单位限制性内切酶）

·                     1 µg质粒

·                     5 Unit 限制性内切酶

·                     5 µl 10x 限制性内切酶缓冲液

·                     1 单位SAP

·                     加双蒸水至50 µl

37°C孵育1小时, 失活处理，然后进入连接步骤。

B、快速去磷酸化

在限制性剪切完成之后，简单地直接加入5 U SAP/ µg载体， 37°C孵育5 min失活处理，然后进入连接步骤。

4、商品规格：1000/5000 U。

 

相关参考文献

应用于克隆实验中去磷酸化

Generating In Vivo Cloning Vectors for Parallel Cloning of Large Gene Clusters by Homologous Recombination Jeongmin Lee, Eugene Rha, Soo-Jin Yeom, Dae-Hee Lee, Eui-Sung Choi and Seung-Goo Lee* (2013) PLoS One. 2013; 8(11): e79979. doi: 10.1371/journal.pone.0079979

应用于基因分析或测序前清除d NTP

1.                  Medium-throughput SNP genotyping using mass spectrometry: multiplex SNP genotyping using the iPLEX® Gold assay. Millis M.P. (2011) Methods Mol Biol. 700:61-76.

2.                  Highly multiplexed genotyping of thiopurine s-methyltransferase variants using MALD-TOF mass spectrometry: reliable genotyping in different ethnic groups. Schaeffeler E., Zanger U.M., Eichelbaum M., Asante-Poku S., Shin J.G., Schwab M. (2008) Clin Chem. 54(10): 1637-47. Epub.  Aug 7. 2008.

3.                  Dried reagents for multiplex genotyping by tag-array minisequencing to be used in microfluidic devices. Ahlford A., Kjeldsen B., Reimers J., Lundmark A., Romani M., Wolff A., Syvänen A.C., Brivio M. (2010) Analyst. 135(9): 2377-85. Epub Jul 29. 2010.

4.                  Genotyping SNPs using a UV-photocleavable oligonucleotide in MALDI-TOF MS. Vallone P.M., Fahr K., Kostrzewa M. (2005) Methods Mol Biol. 297: 169-78.

5.                  A gel-free SNP genotyping method: bioluminometric assay coupled with modified primer extension reactions (BAMPER) directly from double-stranded PCR products. Zhou G.H., Shirakura H., Kamahori M., Okano K., Nagai K., Kambara H. (2004) Hum Mutat. ug. 24(2): 155-63.

6.                  G2 checkpoint in uterine cervical cancer with HPV 16 E6 according to p53 polymorphism and its screening value. Cho N.H., Lim S.Y., Kim Y.T., Kim D., Kim Y.S., Kim J.W. (2003) Gynecol Oncol. 90(1): 15-22.

7.                  A novel procedure for efficient genotyping of single nucleotide polymorphisms. Sauer S., Lechner D., Berlin K., Lehrach H., Escary J.L., Fox N., Gut I.G. (2000) Nucleic Acids Res. 28(5): E13.

8.                  ExoSAP-IT™ Affymetrix (previously USB) has for several years utilized SAP together with Exonuclease I (ExoSAP-ITTM), to offer a simple, fast and cost efficient way to purify PCR products before Sequencing and genotyping. When PCR amplification is complete, any dNTPs or primers remaining in the PCR mixture will interfere with downstream applications. ExoSAP-It removes these contaminants.

应用于蛋白去磷酸化

1.                  Autophosphorylation activates Dictyosium myosin II heavy chain kinase A by providing a ligand for an allosteric binding site in the alpha-kinase domain.
Crawley S.W., Gharaei M.S., Ye Q., Yang Y., Raveh B., London N., Schueler-Furman O., Jia Z., Côté G.P. (2011) J Biol Chem. 286(4): 2607-16. Epub Nov 11. 2010.

2.                  A diurnally regulated dehydrin from Avicennia marina that shows nucleo-cytoplasmic localization and is phosphorylated by Casein kinase II in vitro.
Mehta P.A., Rebala K.C., Venkataraman G., Parida A. (2009) Plant Physiol Biochem. 47(8): 701-9. Epub Mar 28. 2009.

应用于定量分析

1.                  Dephospho-CoA kinase provides a rapid and sensitive radiochemical assay for coenzyme A and its thioesters. Wadler C., Cronan J.E. (2007) Anal Biochem. 368(1): 17-23. Epub Jun 7. 2007.

2.                  A comparison of enzymatic digestion for the quantitation of an oligonucleotide by liquid chromatography-isotope dilution mass spectrometry. Donald C.E., Stokes P., O’Connor G., Woolford A.J. (2005) J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci. 817(2): 173-82.

应用于焦磷酸测序

1.                  Method enabling pyrosequencing on double-stranded DNA. Nordström T., Nourizad K., Ronaghi M., Nyrén P. (2000) Anal Biochem. 282(2): 186-93.

 

七、盐活性核酸酶SAN

1、概述：为增加细胞裂解液中蛋白的稳定洗，需要高盐的提取液，因此清除蛋白中的杂DNA/ RNA 需要耐高盐的核酸酶，Salt Active Nuclease (SAN)即是一款优越的高盐缓冲液中具有高活性的核酸酶产品，适用于在完善地保护蛋白的前提下清除蛋白缓冲体系中的核酸成分，可在纯化蛋白/酶时清除核酸污染，同时可降低蛋白提取液的粘滞度。

降低蛋白裂解液粘滞度

 

2、产品优势：

非特异性核酸内切酶活性；

高盐环境(0.5 M NaCl)下表现出优越的酶活；

在较低温度时即可发挥作用(20% at 6ºC)；

适应较宽的pH范围；

室温下稳定；

高活性400.000 Units/mg。

3、使用说明：如图所示

Figure 1: Addition of salt leads to DNA dissociation from proteins, making it available for degradation by the highly active SAN.

注：添加SAN的量要根据蛋白提取物的种类、孵育时间及温度确定，一般情况下为50-1000 U/ml。在降低细菌或细胞裂解液粘滞度时，如果含有NaCl 可减少SAN用量，如1000 U/ mL无NaCl裂解液 vs. 100 U/mL 含0.25 M NaCl裂解液。

4、商品规格：Pack size: 5000 /25000 U（25U/µl）

 

Properties

相关参考文献

1.                  LitR Is a Repressor of syp Genes and Has a Temperature-Sensitive Regulatory Effect on Biofilm Formation and Colony Morphology in Vibrio(Aliivibrio) salmonicida Appl. Environ. Microbiol. September 2014 vol. 80 no. 17 5530-5541 Published ahead of print 27 June 2014, doi: 10.1128/AEM.01239-14

 

八、HL-SAN

见盐活性核酸酶SAN

商品规格：25000 U（ 25U/µl）

 

详细公司及产品信息请访问：http://arcticzymes.com/

 

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货号             品名                           价格￥              品牌

80200-250  Heat&Run               8500 (250 reactions)          arcticzymes
80200-50   Heat&Run                 2125(50 reactions)          arcticzymes
80400-100  PCR decontamination kit    1700 （100 rxn)           arcticzymes
70500-201  Cod UNG-1-100                    1700                arcticzymes
70500-202  Cod UNG-1-1000                   7225                arcticzymes
70500-203  Cod UNG-5-2500                  14450                arcticzymes
70600-202  dsDNase-2-1000                   7650                arcticzymes
70600-201  dsDNase-2-250                    2550                arcticzymes
70600-203  dsDNase-5-2500                  17425                arcticzymes
70800-202  HL-dsDNase-2-1000               13770                arcticzymes
70800-201  HL-dsDNase-2-250                 4590                arcticzymes
70800-203  HL-dsDNase-5-2500               31025                arcticzymes
70900-202  SAN – 25 kU                      7140                arcticzymes
70900-201  SAN – 5 kU                       2125                arcticzymes
70700-201  rSAP-1-1000                      1700                arcticzymes
70700-202  rSAP-1-5000                      6800                arcticzymes

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