firebirdbio 人工扩展的遗传信息系统AEGIS

 

Firebird向研究,合成生物学和临床诊断界提供试剂创新。

Firebird提供试剂和技术,以帮助开发新的生物医学创新。开发本文介绍的几种产品是为了更好地理解DNA和RNA 的特征,使它们成为地球上生命遗传信息的载体。

该图显示了一个双螺旋的晶体结构,该双螺旋由
八种八王子组成的扩展遗传字母构建而成,G(绿色),
A(红色),C(深蓝色),T(黄色),B (水)P(蓝色) ),S(紫色)和Z (橙色)。

本目录中的试剂仅出售用于研究目的。

人工扩展的遗传信息系统(AEGIS 

Firebird通过创建AEGIS扩展了遗传字母,以解决在复杂生物介质中检测DNA时的干扰问题。

 

通过改组标准碱基的氢键供体和受体,Firebird创造了杂环,可实现Z:P和S:B碱基对的其他氢键结合方式,如下所示。这些碱基对与CG和AT“正交”。

 firebirdbio 人工扩展的遗传信息系统AEGIS 

人工扩展的遗传信息系统-dZ:dP系统:亚磷酰胺

 

 

 

 

                   

 

 

 

氢键模式:Z 
糖:2'-脱氧核糖
杂环:硝基吡啶
线性分子式C 50 H 57 N 6 O 12 P 

摩尔重量964.99

 

货号:dZ-PA-101

 

100毫克 $ 720.00
1克 $ 5760.00

 

氢键模式:P 
糖:2'-脱氧核糖
杂环:咪唑三嗪
线性分子式C 49 H 65 N 8 O 7 P 
摩尔重量909.08

 

货号:dP-PA-102

 

100毫克 $ 850.00
1克 $ 6800.00

 

Artificially Expanded Genetic Information Systems –dZ:dP system:  Triphosphates

人工扩展的遗传信息系统

氢键模式:Z 
糖:2'-脱氧核糖
杂环:咪唑三嗪
线性分子式C 10 H 16 N 3 O 15 P 3
摩尔重量511.17

 

货号:dZTP-101

 

1微摩尔 $ 400.00
5微摩尔 $ 1600.00

 

氢键模式:P 
糖:2'-脱氧核糖
杂环:咪唑三嗪
线性分子式C 10 H 16 N 5 O 13 P 3
摩尔重量493.15

 

货号:dPTP-201

 

1微摩尔 $ 420.00
5微摩尔 $ 1680.00
 

 

 

人工扩展的遗传信息系统

 

氢键模式:S 
糖:2'-脱氧核糖
杂环:伪C 
线性公式C 47 H 54 N 5 O 8 P 

摩尔重量847.93

 

货号:dS-PA-104S

 

100毫克 $ 720.00
1克 $ 5760.00

 

氢键模式:B 
糖:2'-脱氧核糖
杂环:嘌呤
线性式C 49 H 68 N 7 O 7 P 
摩尔重量898.08

 

货号:dB-PA-103P

 

100毫克 $ 600.00
1克 $ 4800.00

 

 

人工扩展的遗传信息系统

氢键模式:S 
糖:2'-脱氧核糖
杂环:伪-C 
线性公式C 10 H 18 N 3 O 13 P 3

摩尔重量481.18

 

货号:dSTP-401S

 

1 微摩尔 $ 400.00
微摩尔 $ 1600.00

 

氢键模式:B 
糖:2'-脱氧核糖
杂环:嘌呤
线性式C 10 H 16 N 5 O 13 P 3
摩尔重量507.18

 

货号:dBTP-301P

 

1 微摩尔 $ 400.00
微摩尔 $ 1600.00

 

 

 

使用AEGIS:超净嵌套PCR

 

即使在以连续碱基对形式存在时,Z:P对仍会保留在PCR扩增过程中。

 

 

AEGIS嵌套引物可抑制多重PCR中的噪音,并支持23重PCR检测RNA病毒。

 

            

 

含有AEGIS碱基的寡核苷酸是可获得的。请咨询。

Firebird还准备了AEGIS  寡核苷酸文库  

SAMRS可以在寡核苷酸中与AEGIS结合使用,以实现高度复用和高度清洁的PCR和等温扩增。

 

Yang等,2011;Yang等,2010;Glushakova等人,2015a

 

 

使用AEGIS:一步就可以组装长的DNA构建体

将AEGIS核苷酸添加至单链寡核苷酸可增加其信息密度。这可以使发夹,漂移链和非规范相互作用不受阻碍的单链DNA干净快速杂交。然后,使用Firebird的“音译”技术,将AEGIS核苷酸干净地替换为标准核苷酸,从而得到一个*天然的基因。

该装配的一个例子如下所示:引物尾部的S和B残基指导引物末端*序列的特异性比对。在PCR扩增过程中,SB碱基对转化为TA碱基对。

 

 

 

布拉德利和本纳,2014年;Merritt等人,2014年

 

 

使用AEGIS:增加适体多样性

dP和dZ碱基增加了核酸的化学组成,用于选择适体。特别值得注意的是dZ上存在的NO 2基团。

下图显示了AEGIS在选择对癌细胞上的细胞表面蛋白具有特异性的适体时的一种应用。

 

                       

G418 Sulfate(Geneticin) 遗传霉素 说明书

G418 Sulfate(Geneticin) 遗传霉素 说明书

产品货号

货号

规格

价格

78GA10001-1g

1g

¥900.00

78GA10001-5g

5g

¥3,500.00

 

基本信息

CAS号

108321-42-2

分子式

C20H40N4O10·2 H2SO4

分子量

692.7 g/mol

外观

白色粉末

纯度

~98%

活力溶解性

>700 μg/mg 溶于水

产品简介

        G418 Sulfate(G418硫酸盐),也称作Geneticin(遗传霉素),是一种结构类似于庆大霉素B1(Gentamycin B1)的氨基糖苷类抗生素,通过影响80S核糖体功能和阻断延伸步骤来干扰蛋白合成,对原核和真核等细胞都有毒性,包括细菌、酵母、高等植物和哺乳动物细胞,也包括原生动物和蠕虫。其抗性基因(主要为neo基因)位于转座子Tn601(903)或Tn5(来源于细菌),但是可以在真核细胞中表达。通过基因重组技术将这些抗性基因导入细胞,使其获得对G418的耐药性,从而用来筛选和维持培养携带抗性基因的原核或者真核细胞。 哺乳动物细胞中,当抗性基因neo被整合进真核细胞基因组后,使其编码表达氨基糖苷磷酸转移酶(amino-glycoside 3’-phosphotransferase,APH(3')II)。此酶通过共价修饰G418的氨基或羟基功能,抑制抗生素-核糖体间的相互作用,从而使得抗生素失活。这一特性赋予细胞产生抗性。稳转细胞株筛选实验,需要建立杀灭曲线(剂量反应曲线)确定杀死无抗性细胞的zui低有效浓度。 植物细胞中,通过转染携带nptII基因的抗性质粒孵育其抗性。nptII基因也能编码表达氨基糖苷磷酸转移酶,这个酶使得多种抗生素丧失活性,包括G418,卡那霉素和巴龙霉素。

使用说明

1. G418储存液的配制(50 mg/mL,活性浓度)

    (1)活力单位的换算

根据此公式进行换算:(1000/A0)×A1=A2,其中A0是G418的活力值(Potency),因批次而异。可见批次对应的质检报告,或者瓶子上的标签。A1是想配制的活性G418浓度。A2是实际称重的粉末与体积比浓度。

比如若所用批次的G418 活力值为:750 µg/mg,要配制50 mg/mL的G418活性浓度,则实际要配制的粉末浓度为1000/750×50 mg/mL=66.33 mg/mL。

如果配制10 mL的G418储存液(活性浓度,50 mg/mL),则需要称取663.3 mg粉末。

(2)除菌和保存

根据上述换算得到的实际粉末称重量,加入10 mL无菌去离子水内使其wan全溶解。

先用5 mL无菌去离子水预湿润0.22 μm针头式过滤器,除尽水。之后使用此滤器过滤,除菌后分装成单次使用的小量(如1mL)放到-20℃冻存,1年稳定。

 【注】

      ①不要对混浊的溶液进行过滤,因为混浊的溶液意味着未wan全溶解,过滤过程中会造成药物损失,降低终液的活性。

      ②不建议使用液体培养基,NaCl,磷酸盐溶液或者有机溶剂来制备储存液。

 

 2. 常用筛选浓度

 一般来说,刚开始筛选转化子需要高浓度的G418,并用一个较低浓度的G418用于维持培养。生长条件,细胞类型和其他的环境因素都可能影响G418的用量,因此第一次使用的实验体系建议通过杀灭曲线(kill curve),即剂量反应性曲线,来确定最佳筛选浓度。

 通常情况,哺乳动物细胞筛选范围200-2000 μg/mL;植物细胞:10-100 μg/mL;酵母细胞:500-1000 μg/mL。

 以下是一些细胞类型使用G418筛选使用的浓度,可做参考。

细胞类型

激活浓度

应用

网柄菌属

a) 10 μg/mL

b) 30 μg/mL

a)培养在培养液中

b)培养在冻干细菌上

哺乳动物

a) 400 -1000 μg/mL

b) 200 μg/mL

a)用于筛选

b)用于维持生长

植物

a) 25-50 μg/mL

b) 10 μg/mL

a)用于筛选

b)用于维持生长

酵母

a) 500 μg/mL

b) 125-200 μg/mL

a)用于筛选

b)用于维持生长

细菌

16 μg/mL

用于筛选

3. 杀灭曲线的建立

      【注意事项】为了筛选得到稳定表达目的蛋白的细胞株,需要确定能够杀死未转染宿主细胞的抗生素zui低浓度,可通过建立杀灭曲线来实现,至少选择6个浓度。处理分裂期的细胞时G418的活性zui强,因此在添加G418之前需要让细胞培养一段时间。

(1)第一天:未转化的细胞按照20-25%的细胞密度铺在合适的培养板上,37℃,CO2培养过夜。

     【注】对于需要更高密度来检测活力的细胞,可增加接种量。

(2)根据细胞类型,设定合适范围内的浓度梯度。以哺乳动物细胞为例,可设定0,50,100,200,400,800,1000 μg/mL。

(3)第二天:去除旧的培养基,换用新鲜配制的含有相应浓度药物的培养基。每个浓度做三个平行孔。

(4)接下来每3-4天更换新的含药物培养基。

(5)按照固定的周期(如每2天)进行活细胞计数来确定阻止未转染细胞生长的恰当浓度。选择在理想的天数(通常是7-10天)内能够杀死绝大多数细胞的zui低浓度为稳定转染细胞筛选用的工作浓度。

 

4. 稳定转染细胞的筛选

      (1)转染48 h后,用含有适当浓度的G418筛选培养基来传代细胞(直接传代或者稀释后传代)。

    【注】细胞处于活跃分裂状态时抗生素的杀伤成效更优。当细胞过于稠密,其效率会降低。为了得到较好的筛选效果,细胞稀释至丰度不超过25%。

(2)每隔3-4天更换含有药物的筛选培养液。

(3)筛选7天后观察并评估细胞克隆(集落)的形成情况。集落的形成可能还需要一周或者更多的时间,这取决于宿主细胞类型,转染以及筛选效果。

(4)挑取并转移5-10个抗性克隆于35 mm细胞培养板,继续用含药物的筛选培养液维持培养7天。

(5)之后更换正常培养基培养即可。

运输与保存方法

常温运输。-20℃避光保存,有效期3年。避免受潮,否则会降低抗生素活力。

注意事项

(1)本品不可高压灭菌;

(2)G418不要和其他的抗生素/抗真菌剂(如青霉素/链霉素)共同使用,因为它们是G418的竞争性抑制剂。其他的抗生素也会产生交叉活性。

(3)配制G418溶液时,一定要根据G418批次不同的活力值(potency)来进行换算,从而得到需要活性浓度的储存液及工作液。

(4)G418加入培养体系中未转染的细胞有可能不会被杀死,原因在于药物浓度过低,或者细胞密度过高。另外,快速分裂的细胞相对于缓慢增殖细胞,更容易被杀死。对照细胞(未转染)可能抗生素添加5-7天后才能杀死,转染细胞(抗性克隆子)的克隆需要10-14天形成。

(5)即使加入杀死剂量的G418,细胞可能会继续分裂2-3次。G418的药效通常在2天后才变得明显。

(6)为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。