celldatasci DNAstorm FFPE 试剂盒说明书

DNAstorm™ FFPE 试剂盒 – 从 FFPE 样品中高效提取高质量 DNA

DNAstorm™ FFPE 提取试剂盒由专有的 CAT5™ 技术提供支持，可增强去除甲醛引起的损伤，并提供更高产量和质量的 DNA，以及更大的扩增能力。DNAstorm™ 试剂盒是新一代测序和其他高级应用的最佳解决方案。

DNAstorm™ FFPE 试剂盒现在还提供 MagBead 格式 – DNA 分离不需要离心机。

使用 DNAstorm™ FFPE 试剂盒和流行的竞争对手的试剂盒从四种不同的 FFPE 肿瘤样本（结肠直肠、肺、膀胱和食道）中提取 DNA。加载等量 (500 ng) 的 DNA 并在脉冲场凝胶上运行。使用 DNAstorm™ 试剂盒可以看到平均 DNA 大小的显着改善。

从 FFPE 组织中提取的 DNA 的脉冲场凝胶。“Kit R”代表具有竞争力的商业 DNA FFPE 提取试剂盒。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

经常问的问题

使用 DNAstorm™ 试剂盒获得的 DNA 中是否存在污染 RNA？

通过在裂解步骤后立即执行优化的 RNase 消化步骤，消除了来自 RNA 的污染。

我可以从 FFPE 样本中获得多少 DNA？

影响获得的 DNA 总量的最大变量是样本本身的质量（即组织的类型和数量，以及样本的分离和保存注意事项）。使用 DNAstorm™ 试剂盒，并假设至少合理的样品质量，可以获得大于 1 µg 的量。

使用 DNAstorm™ 试剂盒获得的 DNA 能否用于下一代测序？

是的。如果 DNA 具有足够高的质量，则可以获得高质量的文库。

应如何准备组织？

使用切片机从 FFPE 样品中获得 5-10 µm 切片。如果可以可靠地切割，可以使用小于 5 µm 的切片。不推荐厚度超过 10 µm 的切片，因为它们可能无法*消化。

我可以使用非石蜡包埋的组织吗？

是的，可以使用未包埋在石蜡中的组织。在这种情况下，我们建议机械研磨相当于推荐切片数量的组织。

我可以使用 FFPE 内核吗？

是的，可以使用 FFPE 核心。因为核心不是使用切片机处理的，所以样品消化往往更困难，如果观察到不*消化，建议进行机械均质（例如使用钢珠）。

您推荐哪种脱蜡方法？

DNAstorm™ 试剂盒包括推荐的脱蜡试剂。与其他常用方法（例如二甲苯）不同，脱蜡试剂高效、无毒且不需要使用通风橱。在我们的测试中，所包含的试剂在去除石蜡和纯化高质量核酸方面至少与二甲苯一样有效。

将脱蜡试剂与 CAT5 裂解缓冲液混合后，我看到脱蜡试剂层和水层之间有白色混浊层。这是什么以及它如何影响提取？

白色混浊层是脱蜡试剂和 CAT5 裂解缓冲液之间的乳液，当这两种试剂涡旋或混合时可能形成。为避免此问题，我们建议在脱蜡试剂和 CAT5 裂解缓冲液接触时不要涡旋样品。当需要在这两种试剂存在的情况下混合时（例如添加蛋白酶时），我们建议移液器混合。通过以最大速度 (> 16,000 xg) 使样品剧烈旋转至少 2 分钟，可以去除白色混浊层。时间的长短取决于乳液的体积。

我如何评估我获得的 DNA 的完整性？

由于从 FFPE 组织样本中分离出的 DNA 大小分布广泛，我们建议使用脉冲场凝胶电泳 (PFGE)。也可以使用基于毛细管电泳的方法，例如安捷伦生物分析仪，但可能无法正确分离质量更好的样品中的高分子量碎片（大于 10k）。

为什么我提取的 DNA 无法正常扩增？我注意到很多没有意义的 PCR 抑制和/或 Ct 值。

当使用大量 FFPE 提取的模板 DNA 时，通常会观察到 PCR 抑制。这种抑制通常不是由于污染物的存在，而是由 DNA 本身的残留化学修饰和损伤引起的。对 PCR 协议的几个简单调整可以克服这个问题。首先，应减少模板 DNA 的量。其次，PCR 聚合酶的用量应增加 2-4 倍。第三，应延长退火和延伸时间。第四，可以增加dNTPs的量。